Desde Juan II de Castilla hasta nuestros días Madrigal de las Altas Torres será recordada para la posteridad. Juan II regala la ciudad a su esposa María de Aragón. Aquí residió también su segunda esposa, Isabel de Portugal, madre de Isabel la Católica. En la historia privada de Isabel la Católica y, por extensión, de España, el triángulo Medina del Campo, Arévalo y Madrigal de las Altas Torres fue el más importante de la época. Se puede decir que la historia de Madrigal coincide con la historia de Isabel la Católica.

A finales del siglo XIV Madrigal era tan importante como para ser sede del Tribunal Mayor de Castilla.

En esta pequeña villa nació el inquisidor Gaspar de Quiroga a comienzos del siglo XVI.

Es en el siglo XVIII cuando a Madrigal la apellidan como de las "Altas Torres" debido a sus antiguos y desaparecidos más de cien torreones que coronaban por doquier la muralla.