Fundada por los musulmanes en el siglo IX, el nombre que estrenó fue el de Granada. Ya en el año 1160 Fernando II de León la conquista para los cristianos y comenzó la repoblación. Actualmente se discute si Granada (actual Granadilla) fue fundada por los romanos, este punto de vista es defendido por la peculiar geometría seguida por éstos en el urbansmo de sus ciudades; dos ejes perpendiculares entre sí y en el que cada extremo finalizaba en una puerta de entrada a la ciudad. No obstante la teoría más fundada es la primera.

En 1191 es donada por Alfonso IX a la Orden de Santiago, regresando más tarde de nuevo a la Corona, hasta que en 1228 Alfonso X la dona a su hijo Don Pedro.

Durante la Edad Media Granada fue cabeza de señorío que reunía 17 municipios, siendo, naturalmente, la que más población tenía.

En el año 1446 el rey Juan II de Aragón dona el señorío al primer duque de Alba, Fernando Álvarez de Toledo. Éste hizo la actual torre, para fines defensivos, entre los años 1472-1478.

En época de los Reyes Católicos se supone que surgió el cambio de Granada al actual de Granadilla.

En 1955 todo el término municipal de Granadilla que pudiera ser objeto de inundamiento para la construcción del actual embalse de Gabriel y Galán sería expropiado. En 1966 tras la expulsión de todos sus habitantes se inicia el inundamiento por las aguas de la histórica villa de Granadilla.