Desde 1554 Felipe II sería el Emperador que mayores territorios ha tenido en el mundo. Ha sido el mayor Emperador de la Historia.

Casado en primeras nupcias con María de Portugal, su primer vástago llegó el 8 de julio de 1545: Don Carlos. La felicidad duró poco pues su madre murió del parto cuatro días después.

Las obligaciones de Felipe II con sus múltiples problemas nacionales e internacionales hicieron que la infancia del heredero fuera en soledad, solo mitigada por su aya Leonor de Mascareñas y luego por sus tías María y Juana de Austria. Don Carlos fue jurado como Príncipe de Asturias el 22 de febrero de 1560 en Toledo.

Felipe II, profundamente religioso asumía el dificil papel de cabeza de la cristiandad y defensor de la fe. En el campo terrenal una de la herencias que recogió de su padre fue el conflicto francés que supo gestionar con eficacia enviando tropas para defender los territorios. Sin duda Francia recordará las batallas de San Quintín (10 de agosto de 1557) y Gravelinas (1558) y Roma al duque de Alba. Estos tres factores hicieron que se firmara el tratado de Cateau-Cambrésis en 1559 reconociendo la supremacía de España en Europa. Por este tratado Felipe II se debía casar con Isabel de Valois, este boda tuvo lugar en Notre-Dame de París ese mismo año.

Por estos años el protestantismo acudía a solazar espíritus que nada tenían que hacer ni que perder... ni que pensar. Felipe II avisado ya de estos peligros por su padre impuso una férrea disciplina y una ejemplarizante forma de actuar en la ley que impidió, sin duda, la extensión de esta escisión religiosa en nuestras tierras. Todos aquéllos que querían hacer algo contra España o contra el Papado (en contra de las leyes en vigor) apoyaban al Protestantismo y de esta forma pertenecer a los rebeldes. Debemos recordar que el protestantismo pudo salir adelante con la ayuda de Enrique VIII, que necesitaba una religión para poder divorciarse de Catalina de Aragón y poder casarse con su amante, muy conocida en la Corte por su ligereza, y de esta forma burlar las bulas papales que estaban hartos de seguir los caprichos de este rey.

Otro de los grandes problemas que heredó fue el peligro turco y la economía. El primero de ellos llevó a la aprobación de un decreto en 1567 que obligaba a los musulmanes a abandonar su fe. Esto fue un espaldarazo a las teorias seguidas por Diego de Espinosa en 1564 de mantener y acrecentar las medidas represoras contra los musulmanes. Este decreto acabó en la Revuelta de las Alpujarras (1568) en Granada siendo reprimida sin contemplaciones. También en otras partes de España donde había una apreciable población musulmana, se sufrió revueltas aunque no en la medida granadina.

En cuanto al otro de los grandes problemas heredados, la economía, seguiría siendolo, todo en la creencia de que las riquezas del Nuevo Mundo eran inagotables.

Durante estos duros años, de 1559 a 1569, dos de estos grandes problemas pujaban por ser el más importante: los turcos o los rebeldes de los Países Bajos, sin olvidarnos del enemigo en casa, la nobleza, siempre ávida de más dinero y de más poder. Dentro de la renovada Administración, en la que el mérito profesional y los estudios era lo que prevalecía, la nobleza siempre buscaba el momento de mayor ocupación del monarca para pedirle que la nobleza pudiera ocupar estos puestos.