En el año 1561 se inicia la toma de las Islas Filipinas. La epopeya fue ordenada por el virrey de México con el Visto Bueno del rey Felipe II pero ordenando tener cuidado con no enfrentarse con la corona portuguesa tomando islas que no nos correspondieran.

Con todo ello los preparativos se iniciaron en 1563 en el puerto de la Navidad (México) y que se retrasaron cinco años. En ella irían el cosmógrafo fray Andrés de Urdaneta, Luis de Velasco, Juan Pablo de Carrión, Rodrigo de Espinosa, Esteban Rodíguez de Huelva y Juan de la Isla.

Legazpi dirigió la expedición en 1564 (21 de noviembre) y un año después desembarcó en las islas Marshall (9 de enero de 1565, isla de los Barbudos) y las islas Marianas (22 de enero de 1565, isla de los Ladrones), pero cuando llegó a Cebú (27 de abril de 1565) se enfrentó a los naturales de las Islas pues tenían miedo de tomar contacto con extranjeros porque los lusos los habian masacrado y creían que los españoles iban a tomar venganza, la imposibilidad de tomar contacto verbal con ellos y la imperiosa necesidad de alimentos llevó a Legazpi a esta decisión.

En 1562 estallan en Francia las guerras de religión que llegaban del norte de Europa. Europa estaba dividida ante una benevolencia excesiva ante este cisma confesional. Mientras, España aumentaba sus extensiones más allá del Oriente, en Filipinas (1565) y se planteó la invasión de China, pero esto no prosperó por el Desastre de la Armada Invencible.

En el año 1567 el problema de Flandes se ponía al rojo vivo, no obstante Felipe II tenía en esos momentos las manos libres. Envió a Fernando Álvarez de Toledo y Pimentel, conocido como el duque de Alba, al mando de tropas veteranas de las campañas italianas. Nada más llegar creó el llamado "Tribunal de los Tumultos", tribunal de gran rapidez que se esperaba fuera un calmante para los rebeldes de Orange. La revuelta fue pronto eliminada y sus cabecillas huidos a diferentes partes de Europa.

En Palacio las cosas no iban mejor, el 19 de enero de 1568 el príncipe Don Carlos es arrestado por orden de su padre y murió poco después en el castillo-prisión. La sucesión se preveía complicada, Felipe II iba por su tercer matrimonio con Isabel de Valois con la que tuvo dos hijas, quedó nuevamente viudo  y casó con Ana de Austria, de quién saldría el futuro Felipe III.

Mientras, en Francia, se recrudecía la guerra de religión. La situación política, económica y social europea echaba chispas por donde se mirara. Cada paso debía ser estudiado, un fallo podría significar un desastre de magnitudes extraordinarias.

Ahora tocaba al sur peninsular. Los turcos tomaron Túnez en 1570 y barcos argelinos pirateaban las costas españolas. Don Juan de Austria (hijo de Carlos I) fue el encargado de retomar la ciudad y pacificar de una vez por todas las Alpujarras. Así lo hizo, dispersando a la población hostil.

El 7 de octubre de 1571 tuvo lugar una de las más famosas e importantes batallas de los españoles, la batalla de Lepanto. Fue una gran victoria para la Iglesia, para los reyes cristianos europeos, para Felipe II y para don Juan de Austria, jefe de la expedición. Esta batalla llevó a que en 1580 se firmara una tregua en todo el Mediterráneo.

Sobre estos meses los Países Bajos retomaban las armas contra España. Esta vez el duque de Alba pudo controlar la situación excepto en Holanda y Zelanda (un grupito de islas entre Breda y Brujas). Este resurgimiento de la violencia hizo al rey tomar la decisión de deponer al duque de Alba y sustituirlo por Luis de Requenses en 1573. Requenses una vez allí ordenó un indultó general en la suposición de ablandar los corazones pero el motín de nuestros propios soldados debido a que no se les pagaba (1575) y la muerte de Requenses en 1576 llevaron definitivamente al caos a nuestras posesiones en los Países Bajos. Un nuevo encargado de los Países Bajos iba para la zona: Don Juan de Austria.

Los Estados Generales firmaron con Guillermo de Orange a finales de 1576 la "Pacificación de Gante", esto es, el reconocimiento de la pluralidad de religiones y la expulsión de las tropas hispanas. Este tratado fue aceptado por D. Juan de Austria y él mismo dictó el "Edicto Perpetuo" por el que las tropas españolas debian abandonar los territorios en liza. Lo que ocurre con estas situaciones es que suelen empeorar a medida que el enemigo ve a un contrincante débil. Y esto fue lo que sucedió...