El 21 de marzo de 1801 se firma entre España y Francia el Tratado de Aranjuez por el que se creaba el reino de Etruria (la Toscana) para el duque de Parma y la infanta María Luisa Josefina como compensación por la próxima entrada en la Portugal de Juan VI y Carlota Joaquina. Las dos mujeres eran hijas de Carlos IV.

Los españoles y galos instaron a Portugal a cerrar sus puertos a Gran Bretaña, como se sabía que iba a ser rechazada esta vergonzosa proposición, la disculpa para una guerra contra Portugal estaba conseguida.

Esta necesidad poco tardó en hacerse real para los franceses pues la presencia inglesa en Portugal le molestaba. Carlos IV se vió obligado a cumplir el tratado auspiciado por Godoy.

El 27 de febrero de 1801 España declara la guerra a Portugal ("Guerra de las Naranjas") por las presiones francesas que hacía poco había reafirmado el segundo Tratado de San Ildefonso (1800) con otro de similares características. Portugal, con un ejército bastante más reducido que el español, pide auxilio a Inglaterra y ésta la desoye.

El 19 de mayo de 1801 España entra en Portugal por diferentes sitios y en quince días estaban en poder español las más importantes ciudades y gran cantidad de material militar luso. La ridícula "Guerra de las Naranjas" había terminado sin oposición militar por parte de Portugal.

En junio se inician las conversaciones de paz por la que Portugal cedía a España Olivenza y sus posesiones y España devolvía a Portugal lo que era suyo. Pero quedaba por saber lo que quería Napoleón.... pues fácil, quería una ocupación militar francesa de Portugal. Estas instrucciones imperiales llegaron intencionadamente tarde a la firma del acuerdo de paz y no fueron ejecutadas por Luciano Bonaparte. Francia sólo se quedó con la mitad de la Guayana. Un episodio más del servilismo hispano a Francia.

El 6 de junio de 1801 se firma el Tratado de Badajoz poniendo oficialmente el punto final a este irrisoria guerra. Tras la guerra, Carlos IV ofreció Olivenza a Godoy, éste la declinó cortésmente y solicitó que se le facilitaran dos de las banderas tomadas en la guerra.

Mientras, siguen las estrepitosas derrotas contra Gran Bretaña y "el Príncipe de la Paz" firma otra Paz en 1802, la de Amiens.

En 1805 comienza una nueva batalla para el "Príncipe de la Paz", de nuevo contra Gran Bretaña, azuzados por nuestra querida Francia. La batalla de Trafalgar acabó con todo; con España y con Francia. La oposición al valido estaba en su momento álgido y Godoy encorvó más, si cabe, la espalda ante Napoleón para hacerse querer, aunque sea en Francia; eso sí el autoproclamado emperador le ofreció esta vez un reino en Portugal (Proceso de El Escorial, Tratado de Fontainebleau, 27-X-1807). El final de Godoy estaba cerca.