Su hermano Ramón intentó hacerse con el poder pero fue rechazado y tuvo que huir antes de ser apresado y muerto a Zaragoza, donde estaba al-Muqtádir, vasallo de Alfonso VI de Castilla. Aprovechando este momento Alfonso tomó La Rioja y casi todo el territorio de los diferentes señorios de lo que hoy son las provincias vascas. Todo se hizo sin luchar, mansamente. Aragón y Castilla se repartieron los territorios; Castilla se quedó con La Rioja, y las actuales Álava y Vizcaya, y Aragón con Pamplona y la actual Guipúzcoa.

En 1079 el reyezuelo de Toledo al-Qádir había sido expulsado por un competidor y huyó a Huete. al-Mutawákkil tomó Toledo al nuevo desconocido y lo incorporó a su reino taifa de Badajoz. Mientras, el rey taifa de Sevilla, al-Mutamid, hacía maniobras extrañas que indujeron a Alfonso VI a extremar las precauciones y a cobrarle las parias atrasadas que ya hacian una buena suma. Para ello envió al Cid.

No sólo el Cid cobraba parias en nombre de su Señor o Rey, había algunos más por cada Reino cristiano, uno de estos caballeros, el conde de Nájera, que fue a cobrarlas a Granada atacó a Sevilla y Rodrigo atacó a sus propios compañeros de armas pues su deber era, ante todo, proteger al pagador del Reino. Tras la derrota en Cabra, el conde García Ordoñez, que fue hecho prisionero, hizo lo imposible para que el Cid fuera desterrado... lo consiguió.

Poco después Alfonso VI recuperó Toledo para al-Qádir y a al-Mutawákkil lo envió a su taifa pacense (Badajoz). En la corte, mientras tanto, las voces del conde de Nájera contra el Cid eran la comidilla cortesana y el rey cada día se sentía más inclinado a creer las palabras del riojano. (Mapa de los Reinos de Taifas en 1070).

En 1081 el conde de Nájera se encargó de tender una trampa al Campeador; le hizo creer que los musulmanes de Toledo habían sido los culpables de las algaradas contra tierras de Castilla e incluso del propio Rodrigo Díaz de Vivar y éste atacó Toledo. El rey no se lo pensó dos veces pues no le tenía ningún aprecio y lo desterró en julio de este año, haciendo caso al conde de Nájera que lo culpó de traidor a la Corona.

El Cid debía tomar rumbo ... a ningún sitio.

Pero en aquél siglo no faltaban reinos o pequeños condados, como los de Barcelona y Urgel, a los que acudir a ofrecer sus servicios y de esta forma sobrevivir él y sus súbditos; todo un ejército perfectamente adiestrado y vencedor de innumerables batallas.

Uno de los que aceptó sus servicios fue, precisamente, el reino Taifa de Zaragoza, enemigo y amigo según conveniencia. al-Muqtádir ya gravemente enfermo hizo testamento y repartió la tafa de Zaragoza entre sus dos hijos, el que se quedaba con la capital fue al-Mutamin contrató al Cid para defenderse de su hermano y del condado de Barcelona y del reino de Aragón. El rey de la taifa de Valencia, Abú Bakr se puedo en guardia pues no era un buen presagio que el hermano de al-Mutamin se hiciera con el gobierno de Denia, aparte del de Lérida y Tortosa.