La victoria musulmana de Sagrajas abrió los ojos de los cristianos tras una derrota espectacular de las tropas castellanas de Alfonso VI el Bravo. El rey pidió ayuda inmediatamente al Cid pues su reino corría peligro y también la taifa de Zaragoza y Valencia, y el reino de Aragón. Y el Cid corrió a socorrer a León y rescindió el compromiso con la Taifa de Zaragoza.

Entre los varios meses de tregua de los almorávides sucedió que el rey de Zaragoza, al-Mustain, viendo la debilidad del reino de Valencia conquistó varias tierras pero no la capital. Alfonso VI ordenó al Cid que atacara a su antiguo señor y amigo. El Cid prefirió, de momento, ir a Zaragoza para entrevistarse con él. Acordaron que el Cid se quedaría con el reino de Valencia y los musulmanes de Zaragoza se quedarían con todo el tesoro y la tranquilidad para su reino. El pacto se selló entre el Cid y al-Mustain.

Desde luego al-Mustain no deseaba entregar Valencia al Cid, posteriormente se lo dijo y el Cid contestó que Valencia pertenecía a Castilla. Mientras, los reyes musulmanes de Lérida y Valencia le daban al Cid lo que pidiera con tal de hacerse definitivamente con Valencia. Al final todo se quedó como estaba, el rey al-Qádir seguiría pagando parias a Castilla y León.

En 1087 Alfoso VI ordenó al Cid defender la costa valenciana de los almorávides.  En el Albarracín el Cid construyó el Castillo de Jiloca y desde allí otearía todos los caminos a Valencia y al noreste de la Península. El rey de Albarracín asustado pactó con el Cid el pagarle parias a cambio de no molestarle. Mientras, consiguió que los que asediaban a Valencia se retiraran, el conde Barcelona y el rey de Zaragoza, por ello las huestes del Cid vivieron dentro de la ciudad de Valencia agasajados por su población.

Nuevamente Alfonso VI solicitó la ayuda del Cid. Esta vez el Cid debería desplazarse hacia Aledo para defenderla de los almorávides que estaban por los alrededores. Varios mensajes engañosos despistaron al Cid y no pudo llegar en su ayuda. Una derrota que a punto estuvo de costarle la vida al rey castellano fue achacada a la neglicencia de Rodrigo en no acudir prestamente en su ayuda. La pena fue nuevamente el destierro y esta vez el Cid no regresó jamás a su tierra. Fue vejado y expulsado.

El Cid partió definitivamente a Valencia. Antes de entrar en la ciudad se dedicó a acampar y a esperar noticias de los movimientos de los demás ejércitos; el del conde Barcelona, el de Zaragoza y el de Castilla. Al parecer el de Barcelona quiso hacer un pacto con el de Zaragoza para combatir al Cid pero al-Mustain sabiendo lo que ocurriría no aceptó, Alfonso VI tampoco, de este forma tendría a los barceloneses cercados. El barcelonés quiso actuar sólo. Lo pagó caro en su derrota en la batalla del barranco de Tevar. Eliminaron casi por completo al ejército condal.