Mientras Ben Yussuf asedió Toledo. El Cid pactó un trato de defensa mutua con Zaragoza y Barcelona. Éstos accedieron gustosos. Sus reinos corrían peligro ante la barbarie almorávide. Desde Burriana el Cid se hizo el Señor de todas las tierras del reino de Valencia excepto de la misma capital. Todos los alcaldes de los pueblos, castillos y fortalezas le pagaban parias. Tenía más  poder y dinero que cualquier noble de la Corte de Castilla y León. (Mapa Reinos de Taifas en el año 1099).

Los almorávides tenía ya todo el sur de la península en sus manos y los reyes de la taifas exiliados a sus ciudades de origen. ¿Cuál sería la próxima ciudad, Valencia o Toledo?.  Eso se preguntaban todos los habitantes del medio y norte peninsular, de ello dependía cuanto le quedaba para escapar de los almorávides.

En espera de ello y de los movimientos de Alfonso VI la parte noreste de la Península estaba en paz. Entre ellos se habian hecho alianzas contra el almorávir. Valencia, Aragón, Zaragoza y Barcelona se autoprotegerían.

De pronto Alfonso VI asedia Valencia. Nadie daba crédito a tal despropósito e incumplia el trato con el Cid. Éste no queriendo derrotar al que consideraba su señor hizo lo imposible para que el asedio no fuera efectivo y así sucedió, realizó una tarea de suministros y capturas de barcos enemigos (de Pisa y Génova) que hizo del asedio un enemigo para Castilla. Todo había sido una maniobra de su antiguo enemigo Garcia Ordóñez, conde de Nájera.

El Cid arrasó completamente La Rioja. Masacró a toda su población y el tesoro requisado fue abundante. Su gran enemigo nuevamente derrotado totalmente en el campo de batalla.

Poco después de esta razia Alfonso VI pidió nuevamente ayuda al Cid. En Valencia los acontecimientos se precipitaron, los proalmorávides, viendo la pronta llega de éstos a las puertas de Valencia quisieron demostrar su sumisión y derrocaron al rey al-Qádir (que fue ajusticiado) y tomaron la ciudad al completo. El Cid vió su oportunidad para hacerse con la ciudad.

Mediado el año 1093 Valencia estaba agonizante por el agobiante asedio de Rodrigo Díaz de Vivar. El emir de Valencia pidió reiteradamente ayuda a los almorávides pero éstos, establecidos en las cercanas Játiva y Denia (en la provincia de Valencia), exigían el total del tesoro del Alcázar. Ante la presión del asedio Ibn Yahhaf decidió entregar una gran parte del tesoro pero los espías y enemigos del nuevo dueño de Valencia avisaron al Cid del momento y del itinerario que iba a seguir la comitiva con el tesoro camino de las manos almorávides. El tesoro pasó a manos del ejército de Rodrigo Díaz y el castillo que áun se resistía, Cebolla, cayó de inmediato. Sólo quedaba Valencia.

Pocos días después cayó el arrabal de la Alcudia, precio de las negociaciones de Ibn Yahhaf para dejar respirar a la ciudad del reino. Abd al-Malik, rey de Albarracín quiso negociar con Aragón para ayudarle a conquistar Valencia pero no sabía que todo el mundo quería Valencia. El Cid se enteró de las negociaciones y arrasó Albarracín y fue herido de extrema gravedad. Mientras el Cid se recuperaba de la herida los almorávides viajaban hasta Valencia.