Llegaba la hora de la batalla. Ibn Yahhaf pidió la ayuda del Cid ante los almorávides y éste se hizo con varios extrarradios de la ciudad. El Cid se adueñaba más y más del territorio de la ciudad de Valencia. al-Waqasi, testaferro de Ibn Yahhaf y nuevo administador de Valencia rindió la ciudad al Cid Campeador el 15 de junio de 1094.

Poco después los almorávides plantaron batalla en Cuarte (al lado de la ciudad de Valencia) y fueron masacrados por el ejército cristiano, era la primera vez que los almorávides fueron derrotados en Hispania. Nadie daba crédito a que una ciudad sitiada ahora por los almorávides y con una desventaja numérica aplastante hubiera vencido a un ejército, sea cual fuera. Los vecinos rebeldes del interior de la ciudad fueron detenidos y ejecutados.

En el año 1096 los almorávides intentaron tomar Toledo, para ello Alfonso VI pidió la ayuda del Cid y éste envió a su hijo Diego en su nombre. Era el unico hijo varón del Cid. En la batalla de Consuegra para la liberacion del sitio de Toledo el hijo del Campeador murió y con él todas las esperanzas del Campeador y de la Valencia cristiana. Tras la derrota cristiana los almorávides torcieron su camino hacia Valencia y fueron nuevamente derrotados por el Cid en la batalla de Bairén (enero de 1097).

Mientras, en el norte los aragoneses habían tomado Huesca. El gran sueño de la Corona de Aragón.

En esta ciudad y a finales de 1097 el Cid casó a sus dos hijas: a María con un hijo del conde de Barcelona y a Cristina con el heredero a la Corona de Navarra.

El 10 de julio de 1099 murió el Cid y Jimena se erigió en Señora de Valencia. En 1102 la ciudad cayó en el tercer asedio de los almorávides a Valencia desde la muerte del Invencible.

Mapa de la Península en el año 1099