Al poco el padre se enteró de este boda, que hacía caso omiso del Tratado firmado en Guisando por lo que volvió a proclamar sucesora a la Corona a su hija Juana la Beltraneja. El rey se dedicó a quitar bienes de la Corona como pago por el apoyo de los nobles, esto se tradujo en más villanos pecheros con lo que el descontento era mayor (pertenecer al realengo era mucho mejor) y muchos se pasaron a las filas de apoyo a Isabel.

Sólo faltaba el golpe maestro, Isabel y Fernando dieron la vacante de cardenal al enemigo más poderoso, a los Mendoza, exactamente al obispo de Sigüenza, Pedro González de Mendoza.

A partir de aquí los Mendoza consideraron que Isabel era mucho mejor reina para Castilla y para los intereses del pueblo que su oponente. Poco después Enrique IV se reconcilia con Isabel. A finales de 1474 el rey muere y rápidamente Rodrigo de Ulloa corre a informar a Isabel avisándola de que debe esperar a que la ley dictara quién debía ser la sucesora, los nobles de Aragón por su parte, deciden que Isabel debe esperar al regreso de su marido. Isabel se autoproclama reina de Castilla, en Segovia el 13 de diciembre de 1474, adelantándose así a la Junta de Nobles. Portugal temblaba por la alianza entre Castilla y Aragón.

No esperó ni a unos ni al otro. No se sabe a ciencia cierta los nobles que secundaron esta autoproclamación pero el día 16 del mismo mes se hace llegar a todas las ciudades del reino una carta en la que se invita a los procuradores a ir a Segovia a rendir pleitesía a la reina.

El enfado del rey fue enorme, se necesitaron dos negociadores para esta paz matrimonial, el cardenal Mendoza y el arzobispo Carrillo hicieron de intermediarios. Se llegó a un acuerdo llamado "Acuerdo para la gobernación del reino" o "Concordia de Segovia", fechado el 15 de enero de 1475 en Segovia. Se acordó que ella era la reina y él, el consorte.