Mientras todo esto ocurría, el bando monárquico coronó a Juana la Beltraneja como reina de Castilla en Trujillo ese mismo año. Juana tuvo que huir de Trujillo hacia Plasencia por las continuas presiones isabelinas. Paró en Portugal donde finalmente se casó con el rey: Alfonso V. En estos mismo momentos se decidía en algunos campos de batalla las diferencias entre diversos bandos, el isabelino-aragonés, el portugués y el francés. El papa también estaba por estos lares, al principio dió la dispensa para el matrimonio del portugués con Juana, pero al ver el rumbo que tomaba la situación militar en Castilla decidió a posteriori (diciembre de 1478), anular esta dispensa, con lo que el rey luso estaba ilegalmente casado. El matrimonio quedaba anulado.

El matrimonio era un hecho y nada indicaba que iba a ser distinto, por ello Francia, que se disputaba con Aragón las comarcas del Rosellón y Cerdaña, se alió con Portugal y acordaron que entre los dos podían echar a Castilla de sus pesadillas nocturnas.

Todo eran sueños. Las dos naciones acordaron atacar a Castilla y Aragón y reunirse en Burgos para repartirde el botín. Los portugueses se adentraron en territorio castellano por Plasencia, y llegando a Toro decidieron tomarla. Esta ciudad era defendida por Fernando de Aragón, los portugueses iniciaron el asedio hasta que tuvieron noticias de la llegada del hermano de Fernando en su auxilio y se echaron hacía atrás. Las tropas castellano-aragonesas les persiguieron hasta Peleagonzalo y los derrotaron el 1 de marzo de 1476. Debido a esta victoria la reina Isabel hizo construir el monasterio de San Juan de los Reyes de Toledo. Los portugueses, tras una larga espera por los franceses se decidieron a retirarse, sin más, del territorio castellano.

Los franceses, por otra parte, fueron resueltamente batallados en Fuenterrabía y también decidieron no continuar con tan peligrosa empresa. Se realizó un pacto entre Francia y Castilla de no agresión, el Tratado de San Juan de Luz (1478) y Francia se llevó lo que quería, las comarcas del Rosellón y la Cerdaña, todo esto posterior a la muerte de Juan II, el padre de Fernando.

A partir de aquí la enemistad de los dos bandos fue disminuyendo hasta desaparecer lenta pero definitivamente, por lo menos por ahora. En este mismo año 1479, Fernando hereda la corona de Aragón. Isabel y Fernando habían ganado la guerra, era reyes de Castilla y Aragón. La Paz de Alcaçovas en septiembre de 1497 con Portugal lleva al final de la guerra hispano-lusa. Esta Paz anexionó las islas Canarias a Castilla y se acordó el matrimonio de Isabel (hija de los Reyes Católicos) con el primogénito portugués Juan II.

Juana la Beltraneja, por el pacto castellano-portugués de Tercerias de Moura, escogió retirarse a un convento antes que la otra posibilidad, casarse con el heredero al trono, el hijo de Isabel, Alfonso, que en estos momentos contaba con un año de edad. Ella, con todo honor, se consideró reina de Castilla hasta su muerte en 1530.