Uno de los puntos fuertes de su reinado fue la administración de la Mesta, institución que se fundó bajo Alfonso X en el año 1273. La mesta era la más poderosa maquinaria económica y política del medievo en España. Su creación de riqueza era extraordinaria. También su creación de pobreza era fuerte, la agricultura fue enormemente dañada, remitiendo cada año la extensión de campos para su explotación.

Y se creó en 1497 la Cabaña Real de Carreteros, fundada para satisfacer el deseo y la necesidad de un traslado seguro y lo más cómodo posible entre las distintas partes de la Península Ibérica. Burgos, Medina del Campo, Medina de Rioseco, Cuenca y Toledo y Vizcaya por el Norte y Sevilla y Cádiz por el Sur eran las ciudades motor de la economía nacional.

Como se puede comprobar estas ciudades pertenecían a Castilla y hay que recordar que los reyes también lo eran de Aragón. Aragón en estos tiempos era mucho más pobre demográfica y económicamente. El 9 de junio de 1481 Isabel entra en Zaragoza para prestar juramento como corregente del reino. También al infante Juan se le juró como heredero de las dos coronas. Más tarde tocaría a Isabel hacer lo mismo en Barcelona y Valencia. (Ver Mapa)

El mayor avance hacía la unidad de España era la conquista del reino nazarí de Granada. El comercio entre Granada y el resto de España era fluído y altamente rentable, aparte reforzaba la paz, el bien más preciado para el desarrollo humano. La toma del reino musulmán fue por fases más o menos espaciadas. Sin prisa pero sin pausa, mientras Castilla recibía los parias, se iban tomando pequeñas localidades estratégicas para ir estrechando el cerco al frente granadino.

A finales de diciembre de 1481 el gobernador de Ronda del rey musulmán, Abu-I-Hasan 'Ali (Muley Hacén), tomó por sorpresa el castillo de Zahara. Castilla no tardó en reaccionar.

La nobleza andaluza tomó Alhama el día 28 de febrero del año siguiente, muy cerca del corazón de Granada. No había marcha atrás. Fernando va pesonalmente a reforzar su defensa a finales de abril. Esta guerra fue beneficiosa para los castellanos por las rencillas entre la familia reinante en Granada. La primera esposa de Muley se alió con la familia adversaria de su marido para derrocarlo y coronar a su hijo Boabdil el chico. Muley detuvo a su esposa y ésta, al escapar, instigó a su hijo para rebelarse contra su propio padre y tomar el reino como suyo. Todo por Zoraya, la amante de Muley, que hizo encarcelar a la esposa.