Esto consiguió dividir al reino en dos bandos y esto facilitó a Castilla y Aragón la victoria final. Boabdil atacó a los cristianos en Lucena (Córdoba) y fue hecho prisionero pero a Fernando le interesaba más que andara suelto y combatiera a su padre, por lo que alcanzó un pacto con el hijo y enemigo de Muley. Ronda fue tomada el 22 de mayo de 1485. Un desastre para el bando musulmán. Al año siguiente cae Loja (por fin, tras el desastre de 1482) y el 18 de agosto de 1487 Málaga.

En este mismo año (1485) llega a Castilla Cristóbal Colón, con la intención de poder hablar con los reyes y plantearles la empresa, vista la negativa de Portugal a sufragar tamaña locura. Su primera entrevista no podía ser en un lugar más idóneo que Salamanca.

Después de tantos años de paz y ahora una nueva guerra a Muley le fallaron las fuerzas y abdicó en su hermano el Zagal. El Zagal no tuvo más remedio que pactar con Boabdil el chico.

Las ciudades del nazarí van cayendo, el fin se ve claro. El 4 de diciembre de 1489 cae Baza tras 5 meses de asedio. Seis días después de entregan pacíficamente Guadix y Almería. Queda la más importante, Granada.

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El 2 de enero de 1492 se reunifica España (excepto Navarra, que lo hará en 1512). Granada se ha rendido tras diez años de encarnizadas batallas. Los habitantes del reino fueron esclavizados o asimilados; la capital fue objeto de acuerdo con Boabdil, se respetaría la religión de cada habitante y no serían perseguidos por circunstancia de la guerra. Poco después de la toma, los reyes autorizan a Iñigo López de Mendoza (duque de Tendilla) a instalarse en la Alhambra con grado de Capitán General y el objetivo de conseguir la conversión de los ciudadanos. También a fray Hernando de Talavera le adjudican el cargo de arzobispo de Granada con el mismo objetivo. Gonzalo Fernández de Córdoba destacó por su valor y astucia militar, al que pronto le motejarían como "el Gran Capitán".