Mientras, otro de los descubridores, Juan de la Cosa, capitán de la nao Santa María se dedicaba a explorar y a tomar notas cartográficas para el que sería el primer mapamundi (incluyendo el Nuevo Mundo) por mandato de Isabel la Católica, con extraordinaria precisión. No todo fue "oro" en el Descubrimiento de América, envidias, traiciones y acusaciones infundadas hicieron de la vida de los oficiales al mando toda una aventura, una aventura muy peligrosa. Juan de la Cosa ya en su primer viaje (1492) fue acusado por Colón de la pérdida de la nao Santa María, acusación que pronto se demostró falsa, si es que en realidad llegó a realizarse. Colón regresó a la Península con indios americanos y en 1493 comenzaron los envíos de esclavos a la Península, lo que derivó en un enfrentamiento con la Corona.

El segundo viaje se realizó el día 25 de septiembre de 1494 desde Sevilla y Cádiz. En este viaje se descubrieron Jamaica, Puerto Rico, entre otras. A la vuelta de este viaje es cuando Juan de la Cosa finaliza su mapamundi, fechado en 1500 en el Puerto de Santa María (Cádiz). Tras este segundo viaje los informes que llegaban a manos de los Reyes Católicos sobre la política y otras actividades que llevaba Colón en las Indias empezó a molestar seriamente en la Corte, pero de momento no pasó nada.

Un año después Portugal y España firman el Tratado de Tordesillas por el cual se definen los límites marinos que separarían las futuras exploraciones de ambas naciones. En este segundo viaje Juan de la Cosa es herido de flecha por lo que no pudo continuar con su trabajo cartográfico hasta su recuperación, una vez en España, en el Puerto de Santa María, Juan de la Cosa acaba el mapamundi. Un hecho destacable es que dibujó a Cuba como una isla, Colón opinaba tajantemente que era parte del Continente.

En el año 1496 Colón regresa a la Península pues se sabía, con hechos demostrables, que no sólo su corrupción continuaba sino que intentaba engañar a la misma Corona apropiándose de explotaciones mineras a espaldas a la misma como bien se lo dio a entender Fray Bartolomé de Las Casas años más tarde. No obstante en 1499 realiza su tercer viaje, en este mismo viaje iban también Ojeda al mando y Juan de la Cosa como Piloto Mayor. En este viaje Juan de la Cosa se dedicó a descubrir la zona de las costas desde Isla Margarita hasta el golfo de Urabá.

No obstante Colón volvió, en su tercer viaje a las Indias, en mayo de 1498. Descubrieron Trinidad, la costa de Venezuela, el río Orinoco y más tierras americanas. Pero la explotación de las tierras era una ruina comparada con los gastos que se necesitaban para mantener tal empresa. De esta forma en 1500 Colón es obligado a regresar a la Península y dar cuenta de todo ello a los Reyes Católicos. Francisco de Bobadilla se quedó en La Española como Gobernador General de las Indias. Pero tras años de intentarlo no pudo pacificar al rebelde Roldán ni tampoco a los caciques españoles ni tampoco a los continuos conflictos en torno al oro sacado de la tierra americana.

Juan de la Cosa viajó por cuarta vez (1500-1502) con Rodrigo Bastidas en calidad de Capitán y Corresponsable y Nicolás de Ovando, que se iba a hacer cargo de la Administración de la isla de La Española desde septiembre de 1501, (actual Santo Domingo, la que dirigía Colóny luego Bobadilla). Ovando fue el que creó el Consejo de Indias, máximo órgano centralizador de la Administración de la Corona de Castilla en las Indias.

En su corta estancia en la isla comprobó que estaba dividida entre varias facciones: la de Bobadilla, la de Roldán y la suya. En 1503 se captura a Roldán.

Ovando fue el hombre de confianza de los Reyes Católicos en las Indias. Años ha, había combatido junto con su padre al lado de los RR. Católicos en Extremadura y Granada y consiguió transmitir la Orden de Alcántara a los mismos.

En 1503 la reina Anacaona, junto con muchos de los caciques hispanos tendieron una trampa a Ovando en medio de una fiesta, enterado Ovando los mando ejecutar, arrestar a la reina, más tarde ejecutada y de esta forma pacificó la isla. En 1505 todos los caciques eran favorables a Ovando, su cuello valía más. Entre los jefes militares que dirigieron estas operaciones contrainsurgentes estaba Hernán Cortes, Pizarro, Ponce de León y Diego Velásquez, entre otros.