Desafortunadamente los encargados de su nefasta gestiòn, los abades y la crisis espiritual del Císter en el siglo XIV aceleran la degradación del monasterio y de la gestión en sí. Ésta es cedida a familias nobles que aportaran su experiencia y sobretodo, su dinero.

En el siglo XVI (1505) la Orden se reorganiza y pasa a llamarse la Congragación de Castilla, el mosnasterio, como no, se adhiera a la nueva Reforma cisterciense. Vueven las épocas de las "vacas gordas".

Se crearon escuelas, hospitales y un sin fin de edificios que hicieron de Carracedo cabeza jurisdiccional de diversas villas de alrededor.

Con la Ley de  Desamortización de Mendizábal en 1835 (ver artículo) fue abandonado y el estado ruinoso llega hasta nuestros días.

Declarado Monumento Histórico-Artístico en 1929.

De obligada visita.