Se sabe que es bastante posible que este Monasterio nunca fue deshabitado, ni siquiera en época muslmana ni en la reconquista llevada a cabo por los Reinos Navarro por una parte y de León por otra.

También el Reino de Castilla anhela la posesión de esta tierras y sobre finales del siglo X y el XI pone sus ojos y sus armas en La Rioja. A partir de aquí el Monasterio empieza a recibir donaciones cuantiosas por los bandos (navarro y castellano) para obtener buenas intenciones del Monasterio, centro no solo religioso, sino centro de la fidelidad de los pueblos cercanos. En las faldas del monte conocido como Vallejo (de camino al Monasterio) aun se pueden descubrir cientos de esqueletos de fervorosos devotos de San Millán, cuanto más cerca estaban del Monasterio significaba que tenían más poder económico para poder pagar el estar más cerca del Santo. Durante mucho tiempo San Millán y San Santiago se disputaron, con sobrados méritos, el patronazgo de España, que al final fue a parar a San Santiago (Santiago de Compostela). Sabemos, a ciencia cierta que San Millán fue patrono de Castilla y de Navarra, más tarde de España hasta la época barroca en que se empezó a dirimir quién de los dos se lo merecía más.

Ya en las postrimerías del poder árabe el Monasterio fue incendiado por Almanzor (lo último que hizo) y reconstruido por Sancho III el Mayor (Navarra).

En el siglo XI fue cuando la Reforma de Cluny extendió su poder a la Orden Benedictina consiguiendo una uniformidad monástica igual para todos los Monasterios. Este hecho no fue bien recibido por los más representativos en aquél momento: Valvanera y Suso, como ya avanzamos aquí. Sancho III el Mayor apoyó la reforma de los cluniacenses, cuyo Abad era el Papa, Roma. Por la férrea oposición del Monasterio de Suso, su prior Santo Domingo fue desterrado y comenzó la venganza contra este Monasterio. ¿De que forma?, nada mejor que despojarle de su más importante figura, San Millán. ¿Y a dónde lo piensan colocar?, muy fácil, construyendo otro Monasterio al lado, el Monasterio de Yuso: allí trasladan los restos de San Millán. Aparte de leyendas no se sabe muy bien por que se hace este dispendio económico pudiendo quedarse los restos en su lugar de origen, pues Santo Domingo esta desterrado y nadie se atreve a oponerse al Rey. Ahora hablaremos de los Monasterios en "Qué ver"