Actualmente está bajo las aguas del pantano de Aguilar.

Esta zona fue habitado desde tiempos de los Pueblos Antiguos, como lo demuestra la necrópolis rupestre. Estas sepulturas están datadas entre los siglos VIII y XI, sin excluirse fechas tanto anteriores como posteriores.

Quintanilla de la Berzosa debe su historia a su iglesia románica de San Martín, ésta se construyó en el siglo XI y XII. Desde 1175 aparecen documentos en los que se hace referencia a "Quintanilla de la Verezosa" por la compra de tierras a vecinos del pueblo por parte del Monasterio de Aguilar de Campoo.

En el censo de mediados del siglo XIX contaba con 26 vecinos.

A comienzos de la Guerra Civil del 36, un sacerdote originario de Quintanilla de la Berzosa fue asesinado por fuerzas republicanas en Carabanchel Bajo (Madrid) en julio de 1936.

El 23 de julio del mismo mes cinco sacerdotes más fueron igualmnente fusilados en Manzanares (Madrid). Otros siete sobrevivieron al fusilamiento pero tres meses después y debido a las herida sufridas murieron igualmente fusilados. Otros nueve más fueron enviados por tren a CIudad Real acusados de religiosos, paseados por las calles de la ciudad siendo insultados y apedreados por la chusma. Fueron fusilados y enterrados en una fosa común Otros diez sacerdotes más fueron bajados del tren en Urda y el 25 de julio fueron asesinados como el resto de sus compañeros.