Años después y por el empuje almorávide Alfonso VI llama al Cid (1086) para la protección de extensos territorios castellanos tomando entre otras ciudades Lérida, Valencia, Denia... Su fama iba en aumento hasta el punto de llamarlo como Mío Cid y nuevamente es desterrado (1089) porque, según el rey, traicionó a la Corona por llegar tarde al auxilio de su Señor.

Esta vez sirve al rey valenciano defendiendo el territorio levantino (no olvidemos que pagaba tributos a Alfonso VI) de los catalanes y almorávides hasta que pactó un mutuo acuerdo de no beligerancia entre el condado barcelonés y el Reino Taifa de Valencia.

En el año 1097, el 15 de agosto, muere su hijo Diego en la batalla de Consuegra, su pérdida fue irreparable para el ya viejo Cid. Las pocas alegrías que le quedaban serían las bodas de sus dos hijas con el hijo del conde de Barcelona y con el heredero a la Corona de Navarra al año siguiente.

Poco después, el 10 de julio de 1099 muere un soldado. El Monasterio de Cardeña (Burgos) será su eterno descanso. El cristianismo había perdido a uno de sus mayores defensores.