Hasta el año 1487, la toma de Málaga, estuvo Fernando en el frente de batalla del sur, de lo que había que esceptuar los inviernos, en los que se hacía una tregua bilateral y los reyes podían descansar en las tierras de Castilla hasta la próxima primavera.

En 1482 Fernando fue el iniciador de la Inquisición, junto con Isabel. La expulsión de los judíos de supone iniciativa del rey.

Fue una época dura para los conversos que luego se extendería a los propiamente judíos.

Ya puestos en los años anteriores al descubrimiento de América, debemos de recordar que no fue Fernando el impulsor del proyecto, sino su mujer. Es más, debido a las exigencias de Colón, Fernando estaba dispuesto a dar por terminadas las negociaciones, pero por la insistencia de la reina y la íntima creencia de que el proyecto nunca llegaría a buen término, accedió.

A finales de 1492, Fernando sufre un atentando en Barcelona. Pero, aunque herido, sale con vida del mismo.